2015 年 6 月時，Whole Foods Market遭紐約市消費者權益部門控告哄抬價格，被迫道歉，形象嚴重受創，事隔一年多，影響仍揮之不去。
2016 年 3 月時，FDA警告其一座麻州的食品處理設施違反食品衛生規定，但全食超市卻未提供 FDA 所要求的檔，導致 FDA 認為其反應「不可接受」，於 2016 年 6 月發出正式警告，若這次全食超市又沒能處理好，恐怕又會成為下一波公關危機。
面臨營收成長遲緩，全食超市想要吸引更年輕、更嬉皮的新目標客戶族群，計畫推出系列新店面365 by Whole Foods Market，365 店面與傳統全食超市將有很大不同，以洛杉磯店為例，店內有提供熱咖啡與冰啤酒的啤酒吧，還附蔬食餐廳。
全食超市希望透過這些新型態店面吸引新族群，但市場並不買單，分析師認為這些 365 店面設立於原本已經有全食超市店面的城市，只會自我瓜分營收，就算沒有發生這樣的現象，分析師也不看好 365 店面能帶來重大轉變。與其設想一些新店面型態，或許不如專注於積極修補品牌形象，幫助較大。
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