有更多的证据表明长新冠是脑损伤导致的。剑桥和牛津的研究人员使用高分辨率扫描仪，发现了 COVID-19 康复者脑干的微观结构异常。首次感染 SARS-CoV-2 病毒的 18 个月内，脑部炎症的迹象一直存在。感染症状越严重，炎症反应越明显。相比相同年龄健康参与者，感染者脑干所有三个部分都有炎症迹象。脑干由延髓、脑桥和中脑组成，它们都是大脑自动控制中心的一部分，负责调节睡眠周期以及呼吸和心率。疲劳、呼吸困难和心率升高是长新冠最常见的症状。
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